1994-95赛季：“飞人”归来
1994-95赛季，公牛迈入新时代。联合中心，迈克尔-乔丹已经成为记忆。大部分赛季，公牛都保持了50%左右的胜率，皮蓬成为联盟最全面的球员之一，场均2.94次抢断再次当选抢断王，场均21.4分排名第12，篮板球8.1次位列第23，助攻5.2次排名第23位。皮蓬进入全明星首发阵容，入选了最佳阵容第一队。托尼-库科奇在赛季开始25场之后被排进了先发阵容，场均得到15.7分5.4篮板以及4.6助攻，大部分的夜晚，他都和皮蓬搭档默契，成为公牛的王牌组合。
公牛在年底的时候变得强大起来。在职业棒球小联盟试水不成功的乔丹开始想念篮球，3月18日，一片人声鼎沸当中，乔丹宣布：“我回来了。”乔丹出人意料的重新加入公牛队，这也成为联盟历史上最值得纪念的复出事件。
尽管跟1993年离开公牛队时相比，乔丹不太一样了，但他依旧好过当时联盟中的其他后卫，公牛依旧令人生畏。这个赛季他参加了17场比赛，场均26.9分6.9篮板5.3助攻。四月他帮助球队取得了9胜1负的战绩，3月29日，面对老对手尼克斯队乔丹得到55分，表明他依旧能够像以前那样比赛。这场比赛是他复出之后首次造访麦迪逊广场花园球场，是年最值得期待的比赛之一。比赛最后时刻，乔丹在最后一秒助攻比尔-文宁顿扣篮得分绝杀尼克斯。
最终本赛季公牛完成了47胜35负，排在印第安纳步行者和夏洛特黄蜂之后名列第三，但距离榜首仅有5场差距而已。季后赛首轮，公牛虽然战胜黄蜂但依旧无法掩饰自己的软肋——没有一位内线支柱。大前锋霍勒斯-格兰特在休赛期成为自由球员与魔术队签约，结果正是正是魔术队在半决赛4-2击败公牛，组织了公牛的四连冠美梦。季后赛乔丹的得分依然高达场均31.5分。
1995-96赛季：最伟大的赛季？公牛获得72胜，还有总冠军
整个休赛期乔丹都听到了这样的评论：现在的乔丹和1993年突然退役时的乔丹不太一样了。然而，这个赛季公牛在乔丹的带领下重回巅峰，6个赛季内第四次夺得总冠军。他的角色球员现在包括斯科特-皮蓬、以及休赛期通过交易得到的丹尼斯-罗德曼。尽管这也是个相当有天赋的阵容，但没有人预测他们还能夺冠。
11月底，公牛不敌超音速队之后战绩为10胜2负，而然接下来的32场比赛公牛31胜1负，其中包括一月份的14连胜0负。背靠背输给丹佛掘金和和菲尼克斯太阳队，让公牛没能成为历史上整个赛季没有连败纪录的球队。
公牛在主场几乎是不可战胜的，直到4月8日输给夏洛特黄蜂队之前，他们已经取得了主场的37连胜(算上上赛季的季后赛，他们将主场连胜纪录扩大到44胜)。4月16日面对雄鹿队，他们取得了赛季第70场胜利，让各路专家始料未及。
这种表现让乔丹和公牛队赢得了诸多的赛季大将：乔丹荣膺常规赛和全明星赛MVP。他场均得到30.4分第八次成为联盟赛季得分王，每场2.20次抢断位列联盟第三，三分球命中率排名第11位。皮蓬一直以来被认为是联盟历史上最全面的球员，本赛季场均也有19.4分进账，另外有6.4篮板和5.9助攻，抢断也跻身联盟第12位。
罗德曼出众的篮板球能力为公牛增色不少，场均14.9个成为联盟赛季篮板王，罗德曼、乔丹和皮蓬都入选了联盟最佳防守阵容。库科奇当选年度最佳第六人，这个赛季的球队的重要角色球员包括斯史蒂夫-科尔(三分球命中率联盟第二)，卢克-朗利(篮板球9.1个)以及朗-哈珀(助攻7.4次)。
季后赛，公牛势头不减，一路连克热火、尼克斯和魔术，三轮比赛仅输一场。总决赛公牛4-2击败超音速队夺得公牛队第四个总冠军。整个季后赛公牛取得15胜3负的骄人战绩，整个赛季取得了87胜13负的联盟历史最佳战绩。乔丹第四次加冕总决赛MVP，也奠定了他在芝加哥体坛以及NBA历史上的传奇地位。
1996-97赛季：第五个总冠军
经过了创纪录的1995-96赛季，公牛要重复辉煌吗？这个赛季他们取得了69场胜利并再次赢的总冠军。7年当中的第五次冠军。这就是1996-97赛季公牛完成的69胜13负带来的结果，总决赛4-2击败犹他爵士获得两连冠。
尽管战绩不错，但卫冕之旅并不那么容易。依靠乔丹和皮蓬的这对黄金组合，公牛克服了托尼-库科奇和卢克-朗利的伤病、罗德曼的禁赛以及伤病。以以领先老鹰13场的优势夺得中部赛区冠军。
乔丹继续创造NBA的历史，成为第一个在全明星赛上获得三双的球员(14分11篮板11助攻)。史蒂夫-科尔荣膺全明星赛三分大赛冠军。
公牛输掉了赛季最后4场比赛中的3场，最终获得69场胜利，比上赛季创纪录的70场仅有一场差距。乔丹场均29.6分第九次当选得分王，并且创造了连续10个赛季得分2000+的联盟纪录。
尽管赛季末段乏力，但公牛在季后赛到来时及时振作起来。他们在首轮4-0横扫了顽强的华盛顿子弹队，然后各用5场解决掉了亚特兰大老鹰队和迈阿密热火。总决赛遭遇犹他爵士队。
总决赛里，乔丹再次成为舞台上的焦点，首场比赛他在最后时刻命中压哨球，全场得到38分13篮板和9助攻帮助公牛系列赛2-0领先。回到爵士主场，对方连胜两场扳成2平。第五场比赛是历史上的经典战役，乔丹在身患肠炎的情况下仍得到38分带队取胜，包括最后一分钟命中三分球帮助公牛取得90-88的领先。第六场乔丹得到39分，并且在最后5秒钟助攻史蒂夫-科尔命中致命3分，公牛夺得了球队的第五个总冠军。
乔丹再次当选总决赛MVP。赛季结束之后，乔丹和主教练菲尔-杰克逊与公牛签订了一分新的一年合同，为公牛第二次三连冠蓄力。
1997-98赛季：再次三连冠
对公牛而言，1997-98赛季相当不容易。他们将面临精神和身体上的双重考验。
斯科特-皮蓬在赛季开始之后就进入伤病名单，因为他左脚手术缺席了球队的前35场常规赛。尽管赛季揭幕战公牛不敌凯尔特人，慢热的公牛12胜9负开局，但到赛季半程的时候，公牛已经阵容齐整，皮蓬伤愈归队，加上托尼-库科奇和篮板王罗德曼的协助，公牛战绩也随之重回联盟第一。常规赛结束，公牛取得了62胜20负，与犹他爵士队并列联盟第一。
乔丹依旧是联盟的招牌明星，诸多的奖项进一步夯实了他的传奇地位。他再次入选了最佳防守阵容第一队，最佳阵容第一队、第五次获得常规赛MVP，第三次获得全明星赛MVP。此外，乔丹场均28.7分第十次荣膺赛季得分王。
季后赛，公牛在首轮和次轮分别淘汰了新泽西篮网和夏洛特山猫队，东部决赛首次遭遇印第安纳步行者队。传奇巨星拉里-伯德依旧是步行者的领军人物，但乔丹在第七场比赛中独取28分，帮助公牛88-83取胜。自从1992年以来，公牛首次参加抢七大战。回到杀入总决赛的公牛连续第二年面对犹他爵士队。
依靠常规赛横扫公牛有利条件，爵士在总决赛中拥有主场优势。首场比赛结束，爵士1-0领先，但公牛在第二场设法赢下一场，比赛回到了联合中心。第三场，爵士发挥失常，只有卡尔-马龙表现出色，全队仅得到54分遭遇惨败。然而爵士不愿就此罢休，第五场比赛马龙爆发得到39分，爵士88-86险胜，乔丹则最后一投未能命中。
第六场回到盐湖城，这场比赛也是乔丹生涯当中最经典的一场比赛之一。皮蓬因为背伤受到极大的限制，乔丹将球队抗在了自己身上。比赛最终呈现出了好莱坞式的结尾，最后一分钟，公牛落后一分，乔丹在后场切掉了马龙手中的皮球，运球直奔前场在距离比赛结束还有5.2秒的时候命中了一记中投，87-86，公牛绝杀爵士，第六次夺得总冠军。
公牛队在芝加哥个格兰特公园庆祝完毕，接下来的问题就是公牛下赛季会怎样？这个最著名的体育王朝还要再次夺取总冠军？如是这样的话，将不会是在菲尔-杰克逊的带领下。在带领公牛六夺总冠军之后，杰克逊宣布下赛季不再回来。公牛球迷翘首期盼的是，乔丹会不会留下，皮蓬和罗德曼会不会留下。